細胞貼壁緊密程度：細胞貼壁緊密程度是影響消化時間的重要因素。像 HeLa 細胞這類貼壁相對緊密的細胞系，細胞與培養皿表面以及細胞之間的連接較為牢固。TrypLE Express 酶需要更多時間來裂解相關肽鍵，破壞細胞與底物的黏附，通常消化時間可能需要 5 - 10 分鐘，才能使細胞充分解離。而如 NIH/3T3 細胞，貼壁相對疏松，細胞與培養皿的結合力較弱，TrypLE Express 酶能夠更快地發揮作用，消化時間大概在 2 - 5 分鐘即可達到較好的解離效果 。

細胞外基質成分：不同細胞系分泌的細胞外基質成分和含量有別。某些細胞系會分泌較多的膠原蛋白、纖連蛋白等細胞外基質成分，這些成分增強了細胞之間以及細胞與培養表面的相互作用。例如，在成纖維細胞系中，豐富的細胞外基質使得細胞間連接緊密，TrypLE Express 酶需要更長時間來分解這些基質成分，消化時間可能長達 8 - 10 分鐘。而一些上皮細胞系，細胞外基質相對較少，消化時間則會相應縮短 。

細胞的生長狀態：處于對數生長期的細胞，細胞活力強，細胞膜和細胞骨架的結構相對穩定，對酶的耐受性較好，消化時可以適當延長時間，以保證細胞充分解離，如對數生長期的 CHO 細胞，消化時間在 5 - 7 分鐘較為合適。而處于生長停滯期或老化的細胞，細胞結構變得脆弱，對酶的作用更為敏感，消化時間需要縮短，一般 2 - 4 分鐘即可，否則過度消化會導致細胞損傷甚至死亡 。

細胞系的特殊性質：部分細胞系具有特殊性質，也會影響消化時間。神經細胞系，如 PC12 細胞，細胞形態特殊，有較多細長的突起，這些突起容易在消化過程中受損。因此，在使用 TrypLE Express 酶時，需要縮短消化時間，控制在 2 - 3 分鐘左右，并且要在顯微鏡下密切觀察細胞狀態，一旦細胞開始變圓，就要及時終止消化，以保護細胞結構的完整性 。